「99년 대한민국 게임대상」 심사는 쉬운 일이 아니었다. 다양한 장르의 우수한 작품들이 많았고, 새 천년을 향한 기대가 어우러져서 더욱 어려웠다. 그러나 학계·업계·언론계 등 분야별로 6명의 전문가로 구성된 심사위원단은 나름대로 최선을 다했다.
게임 산업은 새 천년에 우리 나라가 중점 투자해야할 산업이므로, 공정하면서도 게임 개발업체에 긍지와 희망을 줄 수 있는 심사가 되도록 노력하였다.
심사의 대상이 되는 작품은 업소용 게임, PC 게임, 온라인 및 교육용 게임, 아마추어 게임, 공로상 등 다섯개 분야로 나누어 심사하였다. 각 분야별로 우수상을 복수 추천하고, 심사위원들의 개인 점수를 합산하여 최고점을 획득한 작품에 우수상을 수여하였다. 최고의 영예가 되는 대상(大賞)은 이들 우수상 수상작 중에서 선정하였다. 각 작품은 영역별로 예술성, 오락성, 기술성, 독창성, 상품성 등을 고려하여 평가하였다. 아마추어 게임의 경우는 상품성을 고려하지 않는 대신 독창성에 높은 배점을 주었다.