소프트웨어 개발 용역사업을 부가가치세 과세 대상에 포함시킨 개정 부가가치세법이 지난해 7월부터 본격 시행됨에 따라 10%의 부가세 비용을 발주기관에 별도 청구하는 문제가 SI업계의 현안으로 떠올랐다.
논란의 대상은 총괄계약에 따라 매년 별도의 연차계약이 체결되는 공공부문의 장기연속사업들이다. 기존 법에 따라 부가세 면제로 계약이 체결됐지만 올해 연차계약부터는 개정된 법률에 따라 추가 부가세 10%를 고객들로부터 직접 받아내야 하기 때문이다.
예컨대 지난해 총괄계약이 체결돼 올해부터 5년간 사업이 진행될 1000억원 규모의 사업인 경우, 개정법에 따라 면세에서 제외된 프로그램 개발용역 부분은 300억원이 되며 이 가운데 10%인 30억원 가량의 추가 세금부담이 발생하게 된다. 따라서 수주업체는 개정법률이 적용되는 올해 연차계약부터는 기존 공사 수주금액과 별도로 10%의 부가세를 전체 사업비용에 포함시켜 고객(발주기관)에게 청구할 수밖에 없다는 것이다.
재정경제부측도 “장기 연속 용역의 경우 국가계약법에 따라 연차 계약을 해야 되며 이는 별도계약으로 보기 때문에 개정 부가세법 시행 이후 프로그램 개발 용역에 대한 연차 계약도 분명한 과세 대상”이라고 말했디.
재경부측은 또 의무적으로 부담해야 하는 비용이 발생한 경우 국가를 당사자로 한 계약에 관한 법률에 따라 계약금액을 조정해야 한다는 유권 해석도 내려놓고 있다.
이처럼 10%의 추가 부가세와 함께 총괄사업 금액을 수정해야 하지만 현재는 예산 확보의 어려움 등으로 발주기관과 SI업체간 합의가 쉽지 않은 상황이다. 실제 기획예산처 기준에는 현재까지 연차사업 계약에 따른 부가세 추가 문제에 대한 명확한 규정이 마련돼 있지 않다.
SI업계에서는 “발주기관을 상대로 부가세 추가 부담에 관한 협의를 통해 사안별로 문제를 해결하고 있으나 정부의 추가예산 확보문제 등으로 총괄금액을 수정하는 데 많은 어려움을 겪고 있다”고 호소하고 있다. 또 “발주기관과의 협상에 실패해 부가세 부담을 업체가 안게 될 경우 결국 사업 규모를 축소할 수밖에 없고 이는 곧 부실화로 이어질 가능성이 높다“는 우려도 나오고 있다.
이에 따라 공공부문 장기 프로젝트를 주로 수행하는 대형 SI업체들과 소프트웨어단체들은 부가세 추가 문제로 어려움을 겪고 있는 실제 사례들을 수집·분석, 개정 부가세법 시행에 따른 추가예산 부분을 제도적으로 인정해 줄 것을 관련 부처에 직접 건의하는 방안을 강구중이다. <주상돈기자 sdjoo@etnews.co.kr>