대기업 공공정보화 사업 제한제 시행을 앞두고 예외조항에 대한 대·중소기업의 입장차가 여전히 평행선을 달리고 있다. 중소기업은 제도 취지에 맞춰 예외사업을 최소화하고 애매한 문구들을 보다 명확히 해야 한다는 입장이다. 대기업은 전자정부, 융복합형 IT사업 등 예외 조항을 더 늘려야 한다는 주장이다. 이에 지식경제부는 그동안 여러 차례 관련 담당자들의 의견을 수렴하는 장을 마련해오며 입장차를 줄이려고 노력했지만 막판 조율 작업이 쉽지 않을 것으로 예상된다. 정부는 제도 취지에 맞게 최대한 제한적으로 가겠다는 것이 기본 방침이다. 예외사업을 최종 판단하는 심의위원회의 공정성에 대해선 대·중소기업 모두 공감대를 형성했다.
