국내 창업전진기지인 대학 창업보육센터(BI)에 지자체가 재산세를 부과하면서 논란이 일고 있다. 하지만 정부 부처 간 유권해석이 달라 혼선을 초래하고 있다.
16일 중소기업청에 따르면 지난해 여름 지자체로부터 재산세를 부과받은 사립대학 BI는 총 43곳에 달한다.
지자체들은 창업보육센터 건물이 재산세 전액 감면 대상이 아니라는 이유로 지난해 여름 사립대학 BI에 재산세를 소급 적용해 부과했다. 당시 BI별로 100만원에서 1억원이 넘는 재산세가 부과돼 재정 사정이 넉넉지 않은 대학에 큰 부담으로 작용했다.
이 과정에서 일부 대학 창업보육센터는 해당 시와 행정 소송까지 갔지만 법원은 지자체의 손을 들어줬다.
실제 A대는 지난해 경기도로부터 수천만원의 재산세를 부과받자 즉각 행정 심판을 제기했으나 패소했다. 이후 다시 행정 소송에 나섰으나 지난달 같은 이유로 패소했다.
A대는 당시 산학협력단이 BI를 운영하는 것은 실질적으로 학교가 운영하는 것과 동일하므로 재산세 부과가 부당하다는 방침을 밝혔다.
그러나 조세심판원은 학교와 산학협력단은 별개 법인인 만큼, 산학협력단이 창업보육센터를 운영하는 것은 학교가 직접 사용하는 것이 아니므로 재산세 부과가 합당하다는 판결을 내놨다.
이처럼 창업보육센터 재산세 부과 문제를 둘러싸고 대학과 지자체 간 논란이 일고 있으나, 지방세 정책 관할 부처인 안전행정부와 창업보육사업 관할 부처인 중기청의 유권 해석이 각기 달라 기업 창업활동을 지원하는 대학에 혼선을 초래하고 있다.
두 부처 간 논란의 쟁점은 창업보육센터를 학생을 교육하고 연구하는 대학의 고유목적 시설로 볼 수 있는지다.
현재 지방세특례제한법 제41조 제2항에는 학교 등이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대해 재산세를 면제하도록 규정돼 있다.
안행부는 창업보육센터가 비록 대학 안에 설립돼 있으나, 대학의 고유 목적과 직접적 연관이 없고 기업 위주로 창업 등을 지원하는 시설이라 재산세 면제가 어렵다는 시각이다. 또 창업보육센터가 중기청의 ‘중소기업창업지원법’에 의거해 만들어진 시설이어서 법적으로 학교 건물로 볼 수 없다는 방침을 견지했다.
안행부 관계자는 “지자체들이 지난 10여년간 창업보육센터를 학교 고유시설로 간주해왔으나, 실제로 현장에 나가서 보니 학생을 교육하고 연구하는 목적과 전혀 상관없이 기업 지원시설로 활용되고 있어 작년부터 세금을 부과한 것으로 알고 있다”며 “입법체계가 있는데 중기청 요구로 별도 규정을 둔다면 다른 법도 다 풀어놓을 수밖에 없어 지방세 특례제한법의 근간이 흔들릴 수 있다”고 말했다.
행정부의 이러한 유권해석에 대해 10년 넘게 창업보육사업을 시행해온 중기청은 난감해하고 있다. 그동안 국내 창업 활성화에 전진기지 역할을 해 온 대학이 재산세 부과 문제로 향후 사업을 추진하는 데 위축되지 않을까 하는 우려에서다.
중기청은 교육부의 산학협력촉진법을 근거로 재산세 면제가 이뤄져야 한다는 시각이다. 사립대학 내 창업보육센터는 학교법인이 건물을 직접 소유하면서 산학협력단이 위탁 운영하는 형태라 학교 소유 부동산에 대해 재산세 면제를 규정한 지방세특례제한법을 적용해야 한다고 주장하고 있다.
중기청 관계자는 “대학 창업보육센터는 그동안 국내 산학협력을 촉진하는 전진기지 역할을 해 왔다”며 “조만간 교육부에 창업보육센터 건물이 교육시설에 포함되도록 관련 법령 개정을 요청해 비정상적인 재산세 부과를 개선할 것”이라고 말했다.
대전=신선미기자 smshin@etnews.com