임상시험용역에 대한 부가가치세 과세가 3월 17일 이후 최초로 계약을 맺는 사례부터 적용된다.
기획재정부는 국세예규심사위원회를 개최하고 의료기관이 제약사에 제공하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 유권해석일(3월 17일) 이후 최초로 용역계약을 체결하는 사례부터 적용하기로 결정했다고 13일 밝혔다.
당초 기획재정부는 임상시험용역 부가가치세 과세 여부를 묻는 국세청 질의에 대해 관련 규정을 법리적 관점에서 해석해 과세대상에 해당되는 것으로 유권해석 한 바 있다. 하지만 그동안 병원 등 의료기관은 임상시험용역을 계속 면세로 신고해왔고, 과세관청도 정기조사나 신고에 대한 사후검증 과정에서 한 번도 과세하지 않은 등의 상황을 고려해 납세자 신뢰보호 관점에서 유권해석을 새로운 해석으로 판단했다. 이에 따라 유권해석일 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하는 사례부터 과세하도록 결정했다.
기재부는 부가가치세를 과세해도 의료기관·제약사의 세 부담이 증가하는 것은 아니라고 설명했다. 과세 시 의료기관은 제약사로부터 부가가치세가 포함된 대금을 받아 세금을 납부하며, 제약사도 의료기관에 지급한 부가가치세를 매입세액으로 공제받는다.
유선일기자 ysi@etnews.com