사용 후 핵연료는 냉각 방식에 따라 원자로에서 빼낸 후 관리 방법이 다르다. 수조로 된 습식 저장조나 맥스터와 같은 건식 저장소인 임시 저장시설에 두는 것은 같다. 일반 물을 사용하는 경수로 원전은 원자로에서 핵연료가 저장조로 나온 후에 건전성 검사부터 한다. 발전소 운전 중 냉각재 시료 분석이나 실시간 액체와 기체 방사능 계측기를 통해 결함 징후가 보이면 연료 사용 주기가 끝나고 원자로 내 모든 핵 연료봉을 초음파로 검사한다. 발견된 결함 연료봉은 별도 보관통에 넣은 뒤 수조에 저장한다. 문제없이 수명을 다한 연료봉은 원자로에서 꺼낸 후 육안으로 건전성을 확인하고 수조에 보관한다.
중수로 원전은 사용 후 핵연료 집합체만 수조에 별도로 보관한다. 건전한 연료 집합체는 수조에서 최소 6년의 냉각기간을 거쳐 부지 내 건식 저장시설에 보관한다. 임시 저장 시설이라고 안전성까지 떨어지는 것은 아니다. 원전과 유사한 정도다. 지진에 대비한 내진설계는 기본이고 외부 충격에 의한 구조적 손상을 방지하고 방사능 유출이 발생하지 않도록 설계했다.
습식 저장시설은 냉각이나 차폐에 적합하도록 일정 수위를 유지하고 냉각수 손실에 따른 피복을 방지하도록 설비를 갖췄다. 연료의 기계적 손상이나 방사능 유출 방지, 연료 냉각 유지에 필요한 안전설계도 적용했다.
건식 저장 시설인 맥스터 부지는 내진을 고려해 설계됐다. 최대 풍속과 일일 최대 강우량, 적설 하중 등을 반영했다. 정상 운전 조건 하에서도 전체적으로는 65도 이하, 국부적으로는 93도 이하를 유지해야 한다. 사고 조건 동안은 콘크리트의 표면 온도가 전체적으로 176도 이하가 되도록 설계했다. 건식 저장시설 특성상 전원이나 연료바스켓 격납 상실, 비정상 열 조건, 저장 실린더 격납 감시 장비 오작동 등에도 구조적 손상이나 방사능 유출이 발생하지 않도록 관리하고 있다.