중소기업 대상 조세지원 제도가 올해 대거 일몰을 앞두고 있다. 정부가 연장 여부를 결정해야 할 중소기업 관련 제도는 총 21개다. 21개 제도가 모두 없어지면 중소기업은 당장 내년부터 2조원에 육박하는 세금을 더 내야 한다. 일몰 예정인 제도의 상당수는 연구개발(R&D)·고용을 지원하는 제도여서 연장이 필요하다.
8일 기획재정부에 따르면 올해 말 일몰이 예정돼 연장 여부를 평가하는 조세 지원 제도는 총 88개다. 기재부는 제도별 소관 부처에서 평가서를 제출받아 계획대로 일몰할 지 여부를 결정한다.
일몰이 도래한 88개 제도 가운데 21개가 중소기업과 관련됐다. 기재부의 2018년 전망치를 바탕으로 집계한 결과 21개로, 기업(대·중견·중소기업 모두 포함)이 받는 세금 혜택은 연간 총 3조2274억7500만원이다. 21개 제도가 모두 일몰되면 중소기업은 내년부터 2조원에 육박하는 세금(1조9364억원, 중소기업의 조세 지원 수혜자별 귀착 비중 60%를 고려해 추산)을 추가로 내야 한다.
일몰 예정인 21개 제도 가운데 '신성장동력·원천기술R&D비에 대한 세액공제' 규모가 2조2709억원으로 가장 크다. 신성장동력·원천기술 부문 R&D에 투자한 비용 최대 30%를 소득세와 법인세에서 공제하는 제도다.
'중소기업 취업자에 대한 소득세 감면'과 '창업 중소기업 등에 대한 세액 감면'도 조세 지원 규모가 각각 3966억원, 2400억원에 달해 일몰 여부가 관심사다.
21개 제도 가운데 R&D, 고용 관련 제도가 많다. 일몰 예정된 R&D 관련 제도는 △R&D 관련 출연금 등의 과세 특례 △연구 및 인력 개발을 위한 설비 투자에 대한 세액 공제 △기술 이전 및 취득액에 대한 과세 특례 등이 있다. 고용 관련 제도 가운데에는 △중소기업 비정규직의 정규직 전환 시 세액 공제 △고용 유지 중소기업 등에 대한 과세 특례 등이 올해 말 일몰을 앞두고 있다.
노민선 중소기업연구원 연구위원은 “일몰이 예정된 중소기업 R&D 관련 제도가 9개, 고용 관련이 7개로 각각 집계됐다”면서 “R&D 부문에 일몰되는 제도가 많아 중기업계에 위기감이 감돌고 있다”고 진단했다.
중기업계는 정부에 조세 지원 안정 정책 추진을 당부했다. 매년 일몰 여부를 평가받는 제도가 적지 않아 사업 예측 가능성이 떨어진다는 지적이다.
핵심 지원 제도로 평가받고 있는 '중소기업 특별세액감면'을 안정된 형태로 개편해야 한다는 주장이 나온다. 중소기업 특별세액감면은 조세 지원 규모가 연간 2조원을 넘는다. 지난해 일몰이 도래했지만 3년 연장, 2020년에 다시 일몰 여부를 평가 받는다.
업계에서는 특별세액감면 제도를 확대·안정화해야 한다는 주장이 나온다. 반면에 제도 실효성이 떨어져 전반에 걸친 개선이 불가피하다는 지적도 있다.
국회입법조사처는 '중소기업 조세 지원 현황 및 개선 과제' 보고서에서 “특별세액감면은 중소기업이 가장 많이 활용하는 조세 지원 제도지만 단순 보조금 성격이 강해서 개편 필요가 있다는 지적이 나온다”면서 “정책 목적과 감면 업종 대상 기준을 더욱 명확히 하고, 외부의 긍정 효과를 유인할 수 있도록 제도 재설계 방안을 검토할 필요가 있다”고 밝혔다.
2018년 말 일몰 도래한 중소기업 관련 조세 지원 제도(자료:기획재정부 등)
유선일 경제정책 기자 ysi@etnews.com