이익잉여금에는 법정적립금, 임의적립금, 미처분이익잉여금이 있다. 미처분이익잉여금은 가처분이익잉여금에 대한 개념으로 전기이월 이익잉여금 기말잔액과 당기순이익으로 구분되며 특정 목적이 부여되지 않았지만 주주총회에서 처분대상이 되기에 처분전이익잉여금을 말한다. 다시 말해 기업 이익이 외부로 유출되지 않고 내부에 쌓여 있는 경우를 말하는 것으로, 실제 영업이익에서 발생한 것이라면 부채비율, 유동비율, 영업이익율, 현금흐름 등을 개선시키는 효과가 있다. 그러나 미처분이익잉여금이 과도하게 누적되어 있다면 기업의 순자산 가치를 상승시키고 주식가치를 높이게 되어 세금부담을 증가시킨다. 즉 과도한 미처분이익잉여금으로 인해 주식가치가 높아진 상황에서 양도, 상속·증여 등으로 주식이 이동할 경우에는 막대한 세금을 납부해야 한다. 결과적으로 미처분이익잉여금이 상속증여 또는 가업승계를 어렵게 만들고 있는 것이다. 아울러 미처분이익잉여금은 기업 청산 시에도 높은 누진세율이 적용될 수 있어 잔여 재산에 대한 배당 소득세 부담을 가중시킬 수 있다.
그럼에도 중소기업 대표들 중 상당수는 이익이 발생해도 기업의 미래를 대비하고자 배당 등을 진행하지 않고 보유하고 있어 미처분이익잉여금을 증가시키고 있다. 그 결과 전북에서 정밀부품을 생산하는 T 기업의 이 대표는 2년 전 과도하게 쌓인 미처분이익잉여금으로 인해 막대한 세금을 납부해야 했으며, 경남에서 전기부품을 생산하는 Z 기업의 우 대표는 3년 전 갑자기 세무조사를 받은 결과 과도한 세금을 납부해야 했다. 이는 그간 Z 기업에 손실을 끼쳐온 J 이사가 퇴직하면서 국세청에 탈루 의혹을 신고하면서 발생한 상황이었는데 Z 기업은 몇 년 간 지속적으로 상당한 금액의 당기순이익을 올리고 있었지만 대부분 기업에 유보하였기에 많은 미처분이익잉여금을 보유하고 있었다. 게다가 미처분이익잉여금으로 금융자산 등에 투자를 해왔던 것이다. 또한 경북의 S 제조업의 김 대표도 미처분이익잉여금으로 인해 세무조사를 받았는데 연구개발비는 매우 적으면서도 부동산 등에 과도하게 투자한 탓에 7억 원 정도의 세금을 추징당하기도 하였다. 아울러 경기 남부에서 화학제품을 생산하고 있는 A 기업의 유 대표는 건강 문제로 인해 3년간 제대로 경영을 하지 못한 탓에 경쟁 기업에 밀리면서 계속해서 매출이 하락해왔다. 이에 폐업을 하고자 하였지만 미처분이익잉여금이 발목을 잡아 세금납부재원을 마련하기 위해 은퇴 생활을 하려고 장만하였던 건물을 헐값에 넘겨야만 했다.
이처럼 미처분이익잉여금은 법인세, 상속증여세, 배당소득세 등 다양한 세금부담을 가중시키는 위험을 가지고 있기에 조속한 시일 내에 정리해야 하는 항목인 것이다. 하지만 아직까지도 많은 대표들은 미처분이익잉여금이 시설투자, 재고자산, 매출채권 등의 형태로 녹아 있고 눈에 보이는 현금이 없다는 이유로 대수롭지 않게 생각하고 있어 미처분이익잉여금이 가진 위험을 계속해서 키우고 있다. 미처분이익잉여금은 세금위험 외에도 부실자산 처리에 따른 기업 인수합병 차질, 기업 평가 악영향으로 입찰·납품·수주 등을 어렵게 만들며 횡령 혐의 등의 위험을 가지고 있다. 대구 지역에서 전자부품을 생산하는 B 기업은 거의 10년 가까이 안정적으로 매출이 증가한 덕분에 매년 당기순이익이 3억 원 정도 발생해 왔다. 그러나 3년 전부터 개발한 제품들이 판매되지 않고 재고로 남으면서 재고자산 형태로 약 30억 원을 보유하게 되었는데, 이 금액이 현금 및 현금성 자산 등으로 정리되어 장부 상에만 존재한 탓에 성 대표는 정리 시점을 놓쳤던 것이다. 그 결과 막대한 세금부담을 가져야 했고 부실자산으로 간주되어 자금조달 비용이 증가했으며 입찰, 납품 등 영업활동을 어렵게 만들었다.
따라서 대표들은 다른 중요한 업무만큼이나 미처분이익잉여금의 정리도 중요하게 생각해야 한다. 정리 방법에는 먼저 기업에 현금이 있을 경우 비용을 통해 정리할 수 있다. 즉 대표의 급여 인상과 상여금 지급 등으로 비용을 발생시켜 당해년도 결손을 냄으로써 미처분이익잉여금을 줄이는 것이다. 하지만 무리할 경우 자금유동성 문제와 소득세의 부담이 발생할 수 있다. 또한 차등배당을 활용하면 이익잉여금의 외부 유출 방지와 기업 가치를 높이는 효과를 보면서 세금 절감 효과까지 볼 수 있다. 게다가 세금을 절감하면서 효과적으로 사전 증여가 가능하고 자금출처도 명확히 할 수 있는 이점도 얻을 수 있다. 그러나 상법상 배당가능 한도 안에서 처리해야 하며, 이익배당액의 절반을 넘을 수 없고, 주식 수는 발행예정주식총수 안에서 가능하고 액면가로 해야 하는 등 지켜야 할 요건도 있기에 신중하게 접근해야 한다. 최근에는 특허권 자본화가 대표들에게 관심을 받고 있는데, 이는 무형자산인 특허권을 자본화시켜 기업에 양수도함으로써 미처분이익잉여금을 정리하는 것이다. 특허 자본화는 대표의 은퇴자금 마련에도 효과가 있다. 또한 자사주 매입을 활용할 수 있다. 이는 주주가 보유한 주식의 일정 비율을 법인에 양도하는 방법이자 상속세 및 증여세법의 보충적 평가 방법으로, 정확한 시가를 평가한 금액으로 양도하는 방법이다. 따라서 평가 금액에 따라 양도하는 주식 수가 달라질 수 있다.
이처럼 다양한 방법으로 미처분이익잉여금을 정리할 수 있다. 하지만 미처분이익잉여금의 성격에 따라 철저한 점검을 통해 합리적인 절차로 정리하는 것이 중요하다. 만일 비정상적인 상황에서 즉 금융기관으로부터 대출을 받기 위해서, 입찰과 기업 평가를 좋게 받기 위해서, 그리고 세무조사를 피하기 위해서 결산서를 편집하여 발생한 미처분이익잉여금이라면 전문가의 도움을 받아 기업의 제도정비부터 상법과 세법 등에 이르기까지 철저하게 정비하고 분석한 후 미처분이익잉여금 정리를 실행에 옮겨야 한다.