금융실명제 시행 이후, 타인의 명의로 등재한 재산은 모두 법적인 제재를 받는다. 법인의 실소유자가 제3자의 명의를 빌려 주주명부에 등재한 명의신탁주식도 마찬가지다. 업력이 오래된 법인일수록 명의신탁주식을 보유하고 있는 경우가 많다. 과거에는 상법 규정에 따라 조세회피의 목적 없이 명의신탁주식을 발행한 기업도 있다. 2001년 7월 23일 이전의 경우, 법인을 설립하기 위해서 발기인 수를 충족해야 한다는 규정이 있었기 때문이다.
하지만 최근 들어 명의신탁주식으로 인한 분쟁이 증가하고 있고, 세금폭탄을 맞게 될 확률도 높다. 과세당국은 명의신탁주식 통합분석시스템을 매우 정교하게 만들어 악용 사례를 적발하고 있으며 장기간에 걸친 주식보유 현황, 취득 및 양도 등의 변동내역, 각종 과세자료, 외부기관 자료 등을 토대로 명의신탁주식의 악용사례를 적발하고 있다. 따라서 명의신탁주식을 보유하고 있는 경우라면 언제 어느 때든 실소유자로서 증여세 과세대상이 될 수 있으며 법인의 모든 활동에 제약이 있을 수 있다.
뿐만 아니라 명의 수탁자의 신변에 문제가 생기거나, 신용불량으로 명의신탁된 주식이 압류되는 상황도 발생할 수 있다. 명의수탁자의 상속인이 명의신탁된 주식을 상속받겠다며, 소송을 거는 사례도 적지 않다. 보통은 보상금을 주고 상황을 마무리 짓지만 명의를 빌린 입장에서는 억울할 수 있다. 또 이 과정에서 국세청이 명의신탁주식 사실을 알게 돼 거액의 증여세와 가산세를 납부하게 되는 문제도 있기 때문에 명의신탁주식이 있다면 빠른 시일 내에 정리하는 것이 바람직하다.
과세당국은 '명의신탁주식 실소유자 확인제도'를 통해 환원을 돕고 있다. 이 제도는 불법 또는 편법의 목적이 없는 기업이 비교적 간소화 된 절차를 통해 명의신탁주식을 환원할 수 있는 것으로 납세자의 입증부담을 덜어주고 안정적인 기업운영 및 성장을 지원하는 제도이다.
하지만 간소화된 절차임에도 필수 제출서류가 부실하거나 명의수탁자와의 관계가 어긋난 경우에는 활용이 불가능하다. 명의신탁주식의 실소유자임을 증명하려면 수탁자의 실명전환 경위 등에 대한 확인서와 진술서가 필요한데 수탁자와의 관계가 원만하지 못하다면 증명이 어렵기 때문이다.
명의신탁주식 실소유자 확인제도를 활용할 수 없는 상황이라면 주식 양도, 계약 해지, 주식 증여, 자사주 매입 등의 방법을 활용할 수 있다. 주식 증여를 통해 명의신탁주식을 환원한다면 현재 주식가액에 따라 세금이 부과되는데 비상장주식의 경우 거래가 드물고 평가가 까다롭기 때문에 시가 거래 시 양도소득세의 문제가 있을 수 있으며 액면가 거래 시 조세포탈 혐의를 받을 수 있다.
계약해지로 명의신탁주식을 정리할 수 있지만 명의신탁주식에 대한 객관적 사실관계를 입증하지 못하면 양도소득세 회피 수단으로 간주되거나 해지 시점의 추가 증여로 간주되어 해지 시점의 주식평가액을 기준으로 과세될 수 있다.
아울러 실소유자로 인정된 경우에도 당초 명의신탁에 따른 증여세, 배당에 따른 종합소득세 등이 발생할 수 있고, 실소유자로 인정되지 못한 경우에도 거래실질에 따라 양도소득세, 증권거래세, 증여세 등이 발생할 수 있으므로 전문가와 함께 진행하는 것이 바람직하다.
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