세종시 입주 조건과 관련해 대기업과 중소·벤처기업 간 형평성이 어긋난다는 비판의 소리가 높다. 정부가 처음으로 원형지(기반 시설 없이 용지만 정리한 땅) 형태의 토지 공급 방침을 세웠지만, 50만㎡ 이상 대규모 구매자라는 전제 조건을 달아 혜택은 모두 대기업에 돌아가게 됐다. 수정안 공개 전에 일부 대기업과 협의를 끝내면서 중소·벤처기업에 입주할 땅도 사실상 남아있지 않다. 정부가 대·중소기업을 골고루 고려하는 균형감을 잃어 공존의 틀을 깼다는 지적이다.

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