전자상거래보험제도는 전자상거래보증제도를 도입해 시행하고 있는 신용보증기금이 전자상거래 활성화를 위해 추가로 추진하고 있는 사업이다. 전자상거래보증제도가 구매자를 위한 것이라면 전자상거래보험은 판매자의 신용위험을 덜기 위해 기획됐다. 전자상거래보험은 기업 간 e마켓플레이스를 통한 전자상거래에서 발생하는 외상매출채권을 보험대상으로 하는 것으로 판매자가 신보의 전자상거래 보험에 가입 시 가상계좌가 생성되며, 신보에 매출채권을 이전하면 보험증권을 발급받는 형태다. 이후 전자상거래상에서 구매자가 매매대금을 지급하지 않으면 신보는 판매자에게 보험약정에 따라 보험금을 지급하게 된다.
신보는 이번 제도를 통해 거래하는 판매자는 매매대금 회수위험이 줄어들기 때문에 기존 전자상거래의 현금결제 외에 외상거래도 가능하게 될 것으로 보고 있다. 신보는 e마켓플레이스를 통한 중소기업 간 전자상거래시장 활성화 추이를 지켜보면서 적정시기에 이 제도를 도입할 예정이며, 앞으로 이 시스템이 제도화되면 전자상거래에 따른 매출채권 회수위험으로부터 해방돼 중소기업의 자금난 해소에 큰 도움이 될 것으로 기대하고 있다.