# 정부출연연구소가 운영하는 A창업보육센터는 연간 매출액 5억원 중 30%에 해당하는 1억5000만원을 재산세로 납부한다. 매출액의 대부분을 입주기업 지원에 써야하는 상황에서 1억5000만원의 세금은 상당한 부담이다. 창업보육센터 건물을 연구소 용도로 사용할 때는 재산세 전액 감면 대상이지만 보육센터로 전환하면 재산세를 내야 한다.
이같은 이유는 정부가 스타트업(Start-up) 활성화를 위한 창업보육센터 지원책의 일환으로 재산세 50% 감면 정책을 시행하고 있지만, 대학과 연구기관 창업보육센터는 오히려 불만이다. 연구시설로 활용하면, 전액 감면받던 재산세를 부담해야 하기 때문.
실제 정부출연연은 국유재산을 무상으로 임대해 사용하기 때문에 재산세 부과 대상이 아니고, 대학의 경우 부동산이 교육용 재산으로 분류돼 재산세가 전액 감면된다. 그러나 같은 건물이라도 창업보육센터로 전환하는 순간 임대업으로 분류돼 재산세를 납부 대상이 된다. 정부가 창업 활성화를 위해 창업보육센터 재산세를 50% 감면해주지만, 대학과 연구기관의 경우에는 오히려 안내던 세금을 내게 되는 것이어서 정책적 지원 효과가 미미하다.
중소기업청은 매년 창업보육센터에 대한 평가를 실시해 등급에 따라 운영비를 지원한다. 하지만 최우수인 S등급을 받아도 정부로부터 지원받는 운영비는 최고 8000만원에 불과하다.
정부 출연연 산하 창업보육센터 한 팀장은 “입주기업들에게 더 많은 지원을 해줘야 하는데, 많지 않은 매출에 내지 않아도 되던 세금까지 부담하게 돼 안타깝다”며 “정부의 창업지원 정책이 제대로 효과를 보려면 세법 개정 등이 필요하다”고 말했다.
대학 창업보육센터 관계자들도 센터 운영으로 수익이 나는 것도 아니고, 정부의 창업지원 정책에 부응하기 위해 운영하는 것인데 세금까지 부담하는 것이 아쉽다고 입을 모은다.
재산세 면제를 위해서는 대학이나 연구소 내 창업보육센터 시설의 용도구분을 상업시설이 아닌 것으로 인정해야 한다. 하지만 현행 법체계상 쉽지 않다. 또 다른 방법은 세법에 새로운 예외규정을 만드는 것인데, 이 경우 주무부처인 중소기업청뿐만 아니라 기획재정부 등과도 의견을 조율해야 한다. 무엇보다 정부는 창업보육센터에 대해 현행 50% 세금 감면 이상의 예외규정을 두기가 어렵다는 입장이다.
중기청 관계자는 “대학들이 경쟁적으로 창업보육센터를 운영하려는 것에서 알 수 있듯, 당장 얻는 직접적인 수익은 많지 않아도 다양한 유무형의 이익이 있다”면서 “그럼에도 교육시설과 동등하게 봐서 세금을 전액 감해달라는 것은 수용하기 어려운 요구”라고 말했다.
권건호기자 wingh1@etnews.co.kr
